湖南医药职业中等专业学校创办于1994年，是经湖南省教育厅、湖南省卫生厅、湖南省中医药管理局和长沙市教育局批准成立的全日制医药卫生类民办中等职业学校。在2002年与2003年，学校先后顺利通过了湖南省教育厅组织的教学评估和合格学校评估。2006年按照属地管理原则，学校归口至长沙市教育局管理。2009年在长沙市人民政府教育督导室组织的办学水平督导评估中被评定为优秀等级。2015在长沙市教育工会的支持下成立了学校工会委员会，2017年被长沙市教育局评为“长沙市骨干民办学校”。2018年被长沙市教育局关工委作为关心下一代工作试点单位。