2003年6月10日，通过阿坝州第九届人民政府研究决定：同意保留马尔康民族师范学校双语师资培训功能的基础上创办阿坝州民族高级中学，实行“一套班子，两块牌子”两种功能并存的学校，学校确立了以“规模求效益，质量求生存，特色求发展”的学校建设思路；高举民族教育大旗，走“质量兴校，特色强校”的奋进之路，努力实现“双语”教育与现代化教育接轨的目标，把“创建全国藏区一流学校”作为我校的发展目标而努力奋斗。

学校拥有全州一流可容纳万余人涵盖国际标准的大型田径场以及标准篮球场，有多功能学生食堂礼堂综合大楼等基础设施。近年来学校极力筹措资金，投资1700多万元新建了宽敞明亮生活设施配套齐全的学生公寓和具有标准的理化生实验室、计算机网络教室和多媒体教室的现代教学实验综合楼，极大地改善了办学条件。学校现有教职工140人，其中专职教师102人，省州以上优秀教师 13人。现有29个教学班，全校寄宿制学生达1500余人。

学校办学历史长，成绩卓著，跻身于国家教委联合国儿童基金会师资培训合作项目学校，四川省首批办好的十九所重点师范学校之一，被省教育厅授予“双语教学先进集体”。2004年，学校成为阿坝州教师信息技术教育测试点和四川省体育传统项目示范学校。 2005年，学校被阿坝州委、州人民政府命名为2004年度州级文明单位和阿坝州五四红旗团委，成为四川省农村中小学现代远程教育工程“项目学校”。成为青海师范大学西北民族大学等高等学校的实习基地。学校在2006年中国西部教育改革与发展高端论坛上被评为“中国西部名校”称号。2007年3月15日，四川质量报社授予我校3.15强教育、树校风、无投诉“AAA级示范学校”荣誉称号。